"התכנית הפלסטינית" בשתיל פועלת לעיצוב תהליכים ומדיניות, באמצעות שילוב, חיזוק וחיבור הכוחות בחברה הפלסטינית ובחברה היהודית, השותפים לחזון המדינה השוויונית, המכירה בפלסטינים אזרחי ישראל כקבוצה לאומית, זכאית לשוויון אזרחי וקבוצתי-לאומי .
הנגב הוא משכנה של האוכלוסייה הענייה ביותר בארץ. אוכלוסייה זו סובלת ממחסור תקציבי, תשתית ציבורית לקויה ובידוד גאוגרפי. המגזר הבדואי הוא המגזר הנזקק ביותר: יותר מ-66% מהבדואים בנגב חיים מתחת לקו העוני, וקרוב למחציתם מובטלים ויש להם רק גישה מועטה למקורות הכנסה. הרוב המכריע נאלץ לזנוח את אורח החיים המסורתי של הנדודים, ואלפים מתגוררים בכפרים לא-מוכרים שאין בהם שירותים בסיסיים כגון חשמל ומים זורמים. מהסניף בבאר שבע שתיל מפעיל תכניות העצמה ומנהיגות לנשים בדואיות. התכניות מעצימות ומכשירות אותן ללמוד על זכויותיהן, לעמוד עליהן ולהפעיל את השפעתן בעניינים אישיים, משפחתיים, קהילתיים וחברתיים. שתיל מתמקד בעבודת שטח פנים-אל-פנים כדי לעודד את ההורים הבדואים משוללי הזכויות להיעשות למשתתפים פעילים יותר בחינוך ילדיהם. בעזרת אנשי מקצוע בתחום החינוך ופעילים מנוסים בפורום הגג למען החינוך הבדואי בנגב, בהנהגת שתיל, אנו מעצימים את ההורים הבדואים – לעתים קרובות השכלתם הם אינה עולה על השכלה יסודית – למלא תפקידי מפתח בשיפור החינוך של ילדיהם.
ב-2006 פתח שתיל סניף לוויין חדש בבאקה אלגרבייה, הבירה הבלתי רשמית של אזור המשולש, בפרוזדור המזרחי-מרכזי של המדינה, בין תל-אביב לגדה המערבית. 200,000 תושבים ערבים במשולש מתגוררים בכ-20 כפרים ועיירות; בכולם אין חינוך נאות, שיעור האבטלה גבוה, התשתית לקויה, הפעילויות הציבוריות מינימליות והרשויות המקומיות נתונות בגירעון עמוק. זה יותר מעשור שתיל מספק סיוע לקבוצות במשולש. סניף הלוויין החדש הוא תוצאה של החלטה אסטרטגית להגביר את הפעילות היזומה, ארוכת-הטווח, של שתיל באזור, לנוכח מגוון הבעיות החריפות של אזור המשולש וחולשת החברה האזרחית במגזר.